Se trata de un conjunto formado por una capilla (que cuenta con un gran salón o estancia) y el claustro con sus pasillos y arquería doble; que se ha convertido en un lugar único, donde la historia, el arte y la cultura encuentran un afortunado espacio para confluir. 

Entre 1925 y 1926 el magnate del periodismo estadounidense, William Randolph Hearst, compró las estructuras de la capilla y el claustro que formaban parte del Monasterio de Santa María de Óvila, en Trillo, y del conjunto conventual de Sacramenia, de la comunidad de Castilla y León, ambas en España.

El amante y coleccionista del arte organizó el desmonte del claustro románico del siglo XII y de la capilla gótica del siglo XIV piedra por piedra, lo empacó y lo mandó a Nueva York. A causa de una epidemia de fiebre aftosa en España, el cargamento fue puesto en cuarentena por 30 meses. 

En el ínter de la cuarentena, Randolph Hearst fue alcanzado por la crisis económica de 1929, La Gran Depresión de Estados Unidos, y las piedras medievales quedaron en una bodega por poco más de dos décadas. Después de la muerte de Randolph Hearst, en 1951, fueron puestas en venta por sus herederos.

En 1953 Nicolás González Jáuregui, empresario y coleccionista queretano, visitaba Nueva York y compró el lote para traerlo a la Ciudad de México y reconstruirlo en su propiedad que fue parte de la Hacienda de Guadalupe, en San Ángel. La reconstrucción se llevó a cabo entre 1953 y 1954, con ayuda del arquitecto y restaurador Luis Ortiz Macedo, consiguiendo reensamblar las piezas en una sola, logrando una sorprendente uniformidad; y añadieron un marco de puerta barroca del siglo XVII proveniente de Guanajuato.

El Instituto es una Asociación Civil privada, sin fines de lucro, fundado el 14 de diciembre de 1973 por un grupo de personas amantes del arte y la cultura; y su primer Director fue el Dr. Pablo De Ballester, Archimandrita perteneciente a la Iglesia Ortodoxa Griega, quien fuera un expositor y conferencista brillante. El Dr. De Ballester fue muy conocido en México tanto por su labor episcopal (tenía a su cargo la supervisión de la Iglesia Ortodoxa en México, Centroamérica y algunos países del Caribe), como por su amplia labor de difusión cultural, siendo un profundo conocedor tanto de la Grecia clásica como de la Grecia actual.

Sus actividades se centraron principalmente en la difusión de la cultura griega y helénica, así como en sus manifestaciones en la cultura occidental; por lo cual el Instituto se denominó Helénico.

El Instituto cuenta con un amplio patrimonio artístico y arquitectónico distribuido en diversas áreas de sus instalaciones tales como: el Claustro, la Capilla, el Aula Magna, el Salón de las Madonas, el Oratorio y el Vestíbulo.

En estos espacios se exhibe una colección de estatuas de piedra de los siglos XII al XVII originarias en su mayor parte del sur de Francia, así como pinturas atribuidas a Tintoretto, Tiziano, Bellini, al taller de Anton Van Dyck y Bartolomé Esteban Murillo; también artesonados españoles e italianos de los siglos XVI y XVII, vitrales franceses y españoles, y tapices flamencos y franceses.

Estos espacios han sido hogar y testigos de diversos programas de difusión cultural, formación humanística, investigación literaria y expresión artística.

Hoy el Instituto tiene una oferta académica que incluye una Licenciatura en Historia y Arte, Maestrías en Humanismo y Culturas, Historia de México y Arte; y una Especialidad en Museografía Práctica; así como cursos, talleres y diplomados en Arte, Historia, Literatura, Filosofía y Religión. Sus ubicaciones son escenarios para conferencias, conciertos, obras de teatro, presentaciones de libros y más.